这一点还在“大力发展农村医疗卫生服务体系”部分体现出来。医改方案这样写道：政府重点办好县级医院并在每个乡镇办好一所卫生院，采取多种形式支持村卫生室建设，大力改善农村医疗卫生条件，提高医疗卫生服务质量。医改北大方案参与者之一、北京大学光华管理学院卫生经济系主任刘国恩表示，这样的规定，与“管办分离”原则的关系，无异于以子之矛、攻子之盾。
而在民众普遍抱怨的药价虚高方面，医改方案延续了之前“头痛医头、脚痛医脚”的思路，通过“合理调整政府定价范围，改进药品定价方法，利用价格杠杆鼓励企业自主创新，促进国家基本药物的生产和使用。对新药和专利药品逐步实行上市前药物经济性评价制度。对仿制药品实行后上市价格从低定价制度，抑制低水平重复建设。推行在药品外包装上标示价格制度。严格控制药品流通环节差价率”这样的规定，将普药定价大权集中到政府手中。
不仅药价由政府决定，医疗服务价格，亦被政府牢牢管制。医改方案规定：中央政府负责制定医疗服务价格政策及项目、定价原则及方法；省或市级价格主管部门会同卫生、劳动保障部门核定基本医疗服务指导价格。
“问题是，即使政府管制价格，只要药厂有利润，就仍然存在回扣的空间”，多部委医改协调小组成员说，“同时，政府的这种管制方式给腐败提供了绝好的机会”。
原则性动力
尽管医改方案总体而言，有重回计划经济的迹象，但在舆论重压之下，医改方案也对一些禁区做了“原则性松绑”。
医改方案中写道：大力发展慈善事业，制定相关优惠政策，鼓励社会力量兴办慈善医疗机构，或向医疗救助、医疗机构等慈善捐赠。多部委医改协调小组成员说，这一原则如果能够得到落实，将大幅降低民营资本进入的门槛——道理很简单，如果慈善免税，意味着民营资本进入医疗服务领域的成本大幅降低。
他解释说，这一原则，在西方早已普遍施行，但在中国尚在摸索阶段；同时，这不是卫生部一己之力所能解决，“此时就需要多部委的合力了”。
此外，业已全面铺开的全民医保改革，已在社保部和卫生部合力之下，距离2010年实现全民医保的目标越来越近。
医改方案中，医保部分维持了原来的架构——随着全民医保的进一步深入，医保机构作为服务购买方与服务提供方之间的对等谈判机制也将逐步完善，进而有效缓解看病贵问题。
医改方案起草的前两个阶段，由于缺少公立医院管理体制改革和医师流动机制改革内容，广受各界诟病。在接受《中国新闻周刊》采访时，医改评审委员会委员、解放军总医院原院长朱士俊称，他曾在2007年5月的医改方案“过堂”的评审会上，当面对此提出批评。
此番公布的医改方案中，出现了“稳步推动医务人员的合理流动，促进不同医疗机构之间人才的纵向和横向交流，研究探索注册医师多点执业”这样的说法。刘国恩表示，“多点执业”，正是医疗资源配置的核心命题。如果医师得不到合理流动，任何引导医疗资源向基层流动的规定都有可能成为空话。
“综观医改方案，距离解决‘看病难、看病贵’难题尚有很长的路要走”，多部委医改协调小组成员说，“不过话说回来，总算积累了一些未来改革的动力”。
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