在医疗机构管理方面，1993年9月卫生部发出了《关于加强医疗质量管理的通知》要求医务人员提高医疗质量意识。1994年2月国务院发布《医疗机构管理条例》（国务院179号令），对医疗机构的规划布局和设置审批、登记、执业、监督管理以及相关法律责任进行了规定，将医疗机构执业管理工作纳入法制轨道。
（3）阶段特点。这个阶段仍是在改革探索中，伴随着医疗机构市场化的是与非的争议，各项探索性改革仍在进行。总体来看，缺乏整体性，系统性的改革，一些深层次的问题有待下一阶段解决。
4．第四阶段：2000~2005年
（1）社会经济背景。随着社会主义市场经济的不断发展，党的执政纲领和路线与日俱进。2002年中共十六大，提出了全面建设小康社会的奋斗目标，将社会更加和谐，人民生活更加殷实作为小康社会的重要指标。2003年中共十六届三中全会召开，提出科学发展观，即“坚持以人为本，树立全面、协调、可持续的发展观，促进经济社会和人的全面发展”，按照五个统筹（统筹城乡发展、统筹区域发展、统筹经济社会发展、统筹人与自然和谐发展、统筹国内发展和对外开放）推进各项事业的改革和发展。
随着市场化的不断演进，政府卫生投入绝对额逐年增多，但是政府投入占总的卫生费用的比重却在下降，政府的投入不足，再加上卫生政策失当，在2000年之前就有一些地方开始公开拍卖、出售乡镇卫生院和地方的国有医院。此阶段存在的社会问题，尤其是看病问题突出。2003年SARS事件又是对卫生体系的一次严峻的考验，这一事件直接暴露出了公共卫生领域的问题，促使人们反思现行卫生政策，客观上影响和推动了卫生体制的改革。
（2）改革进程。作为贯彻中共中央国务院《关于卫生改革与发展的决定》的总体文件，国务院办公厅于2000年2月转发国务院体改办、卫生部等8部委《关于城镇医药卫生体制改革的指导意见》。之后陆续出台了13个配套政策，包括是：《关于城镇医疗机构分类管理的实施意见》、《关于卫生事业补助政策的意见》、《医院药品收支两条线管理暂行办法》、《关于医疗机构有关税收政策的通知》、《关于改革药品价格管理的意见》、《关于改革医疗服务价格管理的意见》、《医疗机构药品集中招标采购试点工作若干规定》、《药品招标代理机构资格认定及监督管理办法》、《关于病人选择医生促进医疗机构内部改革的意见》、《关于开展区域卫生规划工作的指导意见》、《关于发展城市社区卫生服务的若干意见》、《关于卫生监督体制改革的意见》、《关于深化卫生事业单位人事制度改革的实施意见》。
在上述配套文件出台后，国家和地方才有了一些改革举措。2000年3月，宿迁公开拍卖卫生院，拉开了医院产权改革的序幕，共有一百多家公立医院被拍卖，实现了政府资本的退出。2001年无锡市政府批转《关于市属医院实行医疗服务资产经营委托管理目标责任的意见（试行）的通知》提出了托管制的构想；2002年年初《上海市市级卫生事业单位投融资改革方案》出台，这也是产权化改革的探索；有关部门在地方进行“医药分开”的试点，按照“医药分家”的模式将药房从医院中剥离，但未获得重大进展。
本阶段城市社区卫生服务工作受到重视，2000年12月卫生部印发《城市社区卫生服务机构设置原则》、《城市社区卫生服务中心设置指导标准》、《城市社区卫生服务设置指导标准》。2001年11月卫生部印发《城市社区卫生服务基本工作内容（试行）》，同年12月印发《关于2005年城市社区卫生服务发展目标的意见》。2006年年初，国务院又发布了《关于发展城市社区卫生服务的指导意见》，之后又出台了一系列配套政策，连续密集出台的这些文件为社区卫生组织发展提供了政策支持。
（3）阶段特点。本阶段其实是各种趋势交叉最多的一个时期，随着改革的不断深入，市场化在发挥了很大作用的同时也显露出了一些弊端，尤其是非典暴发以后，市场主导和政府主导的争论也逐渐深入，这为下一个阶段的到来埋下了伏笔。三改并举也在这一阶段确立并开始大规模实施。医院产权改革是本阶段最为明晰的脉络。从中央文件的印发到地方政府的尝试，改革的领域和层次在不断提高的同时，操作的方法和手段也日益纯熟。
5．第五阶段：2005年至今
（1）社会经济背景。中共十六届三中全会提出科学发展观，即“坚持以人为本，树立全面、协调、可持续的发展观，促进经济社会和人的全面发展”，按照五个统筹（统筹城乡发展、统筹区域发展、统筹经济社会发展、统筹人与自然和谐发展、统筹国内发展和对外开放）推进各项事业的改革和发展。“看病难，看病贵”的问题虽然早就存在，但是这一阶段在科学发展观和小康社会的背景下表现得尤为突出。
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