由于按照国家的法律规定，药品从厂家出来之后，必须要进入GSP医药公司(即《药品经营质量管理规范》，是药品经营企业统一的质量管理准则。药品经营企业应在药品监督管理部门规定的时间内达到GSP要求，并通过认证取得认证证书)，再由医药公司送到医院或药店。
在GSP管理体系中，生产厂家不能直接向医院供药，需要经过医药公司这一中间环节。拥有医药公司牌照的一些大厂家虽然能通过自己的销售分公司卖药，但这类分销公司一般都是充当药品销售的全国总代理身份，具体营销行为，也多不直接过问。而医药公司必须经过非常严格的资质审批，才有医药经销权。
这一做法不但是国家管理医药流通领域的一种有效措施，同时也是和国际惯例接轨的标准化道路。但实际上，大多数这种医药公司都不操作实际业务，只是负责“走票”———医药公司开具增值税发票和“走账”。有的甚至连物流管理都不进行，仅仅挂一个名。真正在其中活动的，是挂靠其名下层层代理的药商，也就是外界所说的“医药代表”们。
5.流通链层层寻租医药潜规则已成沉疴
“药商分两种，一种是国药那种，做代理批发配送的；另外一种是‘大包商’，专门做‘带金销售’，也就是给回扣。”业内人士介绍，在药厂———医药公司———医院/药店———患者的“明线”之下，一种药品从研发到患者手里还需要经过一条“暗线”：批药号、批价格、各地价格备案、进医保、招标、进医院、进科室。
在这个漫长的流程中，除去药监局、发改委、物价局、各地方政府医保办等相关部门，光在医院这一环节，就要经过院长、药事委员会、药剂科主任、各科室主任、医生等。活跃其中的药商，从总代理的“大包商”到分代理再到基层的医药代表，在走每一个环节时往往都要花钱办事，药品到达患者手中时早已经过了层层加价。
“一般药品零售价可能是成本的10到15倍，而像化疗药等独家、新特药更可高达上百倍。”这位业内人士说，虽然上海“眼科门”事件中的药物未进入医保的普通药品，但事件成因也可能因此与目前药物流通体系密切相关，医生敢用这种违规的做法赚钱，和行业潜规则下全行业的腐败是有关系的。
该人士表示，虽然“眼科门”造成的是患者身体的损害，但医药潜规则所造成的腐败成本影响其实更大。虽然所有的腐败成本都是由代理商、经销商预先垫付的，但最后埋单的却是患者。“而那些进医保的药物，更是等于用纳税人的钱在养医疗体系的腐败。”
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