因此，仅仅是取消合法的药品加成（15%）、实施零差价，并不能消除以药养医体制。而依靠增加政府对公立医疗机构的财政投入也无法消除以药补医体制。况且显而易见的现实是财政没有能力也不应该补偿医疗机构的全部买药收益，即15%合法加价加上隐性返利部分。目前，即便是基层医疗机构的药品零差价补贴，相当一部分地区政府也没有给予足额支付，甚至根本就没有支付。河南、安徽、广东一些卫生院院长和社区中心主任向我们反映了这些情况。因此，试图通过让地方政府增加财政补贴的办法来消除以药养医现象基本是行不通的。
以药补医体制的直接根源是政府人为压低医疗服务价格。因此，欲根除以药养医体制，使得医疗机构有积极性放弃药品零售业务，必须提高医疗服务价格。通过提高医疗服务价格来建立“以医养医”体制，通过“以医养医”体制鼓励医疗机构及其医生提高医疗服务水平和医疗服务质量、注重声誉，注重维护和改善医患关系。
提高医疗服务价格有两种方式。一种是直接放开医疗服务价格，如果现在要主动推行医药分业，放开医疗服务价格是必要条件。另一种是改革现行医保付费模式，由目前的按项目付费为主转变为按人头付费、按病种付费和总额预付等打包付费模式为主，这事实上是变相地提高医疗服务价格。在新的以打包付费为主体的医保付费机制下，医药分业将会作为一个自然结果出现：基于专业化分工和节约成本的考量，社区医疗机构将会逐渐分离药房，把门诊用药零售业务交给社会药店，自己专注于提供门诊服务。
简言之，目前要主动推行医药分业政策，需要以政府主动提高医疗服务价格为必需的配套政策。目前，卫生部为实现其消除“以药养医”体制的承诺，也希望能够提高医疗服务价格。
其次，医疗机构剥离其门诊药房，意味着其工作人员失去留在医疗机构工作的理由。从全社会角度讲，这部分药房工作人员可以到社会药店工作，人力资源可以得到优化配置，并不会导致药学专业人才的浪费；但从其个人角度讲，他们中一部分人是不愿意离开公立医疗机构的，因为在公立医疗机构工作是国有事业单位身份，一方面有一个稳定的铁饭碗，另一方面更重要的是，国有事业单位职工的退休金显著高于企业职工身份的退休金，因此，其中相当一部分门诊药房职工会反对将其剥离。
为保障这部分人的利益不受损、减少医药分业的改革阻力，建议政策明文规定保留这部分药房职工的国有事业编制身份（保障其退休金待遇不变），鼓励其到社会药店工作，或者自己经办社会药店。同时政策上要鼓励获得医保定点资格的社会药店优先聘用这些医疗机构药房人员。
再次，也是最为关键的问题是，如何做才是真正的医药分业？目前，医生处方药品时重要的考量因素是药品回扣，实现药品回扣的一个必要条件就是“统方”，即医药代表能够准确统计医生开方卖药的数量，然后按照相应的药品销售量（处方量）给医生提成（即回扣），只要是由医院自己卖药，每个医生处方和药品零售量之间的一一对应关系就非常明了，统方就很容易，从而回扣就能够顺畅地进行，相应的医生处方行为就受回扣左右。切断回扣行为的一个有效措施是使“统方”难以进行，使得医药代表无法统计医生的处方量，从而无法按处方给医生提成。一旦无法“统方”，回扣就很难进行，因为医药代表没有了给提成的依据。而使得“统方”非常困难甚至根本不可行的最有效措施就是医药分业，一旦患者拿着医生处方自由选择药店购买（前提是药店要足够多），处方流向就变得很分散并且不确定，药品零售量和每个医生处方之间的一一对应关系就难以统计了，医药代表就很难“统方”了。
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