而1985年到1998年的经济转轨期，国有企业一统天下的局面被打破，各种所有制经济成分逐步介入。中国医药企业管理协会常务副会长于明德表示，当时新老机制并存，逐渐形成了多渠道、少环节的医药流通体系。1992年邓小平南巡讲话之后，农村改革不断深入，乡镇企业异军突起。“1992到1999年之间，农民收入增长很快，但医疗保健消费水平没有明显变化。” 在安徽合肥百姓缘大药房总经理周双才看来，“经济搞活”的同时，农村的医药渠道仍处在“小、散、乱”状态。“药材、药品跟白菜、鸡蛋一起随便堆放，价格随意性较大，更缺乏对质量的监控和管理。”
1999年至今，随着市场经济体制的最终确立，适应市场经济发展的医药流通业管理体制和经营机制也逐步确立。据贵州省黔东南州榕江县食品药品监管局邱国勇回忆，1998年他曾到贵州黔东南州境内的一个小村寨——摆底：“当时，村里仅有的卫生室就设在村医家中，桌子上摆着十几种药品和一堆草药，总共价值不到100元。”而10年后，邱国勇再次来到摆底，这里发生了“翻天覆地的变化”。在整洁兴旺的小山寨中，邱国勇看到了规范的药店和村卫生室。药店的主人是乡卫生院的退休职工，店虽不大，但OTC品种比较齐全，摆放规范。村卫生室里有100多种药品，“再也没有看到过期药品” 。
这样的喜人景象还发生在湖南省的革命老区、国家重点扶持贫困县桑植县。以前，山区农民要步行15公里才能买到药品。今天，桑植县六方垭村的村民逢人便夸：“现在买药可方便了，（药品）价格也和城里一样，有的比城里还便宜！”现在，全县296个无药店村配备了便民药箱。桑植县食品药品监管局支持引导正规企业分别建立了3条药品配送线，药品配送覆盖率达到100%，“新农合”基本用药目录中的品种配送率达到100%，全县药品抽验合格率达95%以上，药品价格下降了30%，桑植老区人民真正用上了放心药！
江西省赣州市有一个全国著名的客家围屋之乡龙南县，也曾是缺医少药的困难地区。武当镇一位农民对此深有感触：“以前，我们农民最怕走江湖的药贩子。买了他们的药，不但治不好病，还可能要了人命！”记者了解到，今年龙南县抽查了20种药品的价格，与国家限价相比平均下降了40%。家住龙南县九连山区的农民乐呵呵地说：“从前得个感冒要到旁边的杨村镇去买药，品种还不全，有时甚至要花上一天时间去县城买药。现在，药店就在家门口！”
江苏省更是出台了一系列优惠政策，鼓励并引导大中型药品批发企业为农村地区提供直供配送服务，引导药品供应网络向农村延伸。目前，该省设在乡镇及以下的零售药店达到12008家，占全省零售药店总数的近60%。于明德认为，近5年来农村药品市场的巨大变化与“两网”建设密不可分。而“两网”是指药品供应网和药品监督网，“两网”建设就是为了解决“药价虚高、买药不便、用药不安全”等长期困扰农民的问题。
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