监督管理不严，购销双方不能严格履行合同。很多医疗机构未与企业签订药品购销合同，部分签订合同的也未注明采购药品的数量、质量、价格等基本事项，未明确双方的权利和义务，履行合同也不认真。政府主管部门对医疗机构或企业缺乏有效检查监督，或者有布置、无监督，少数地方药品集中采购流于形式，起不到应有的作用。
“以药补医”的机制影响了药品集中采购效果。目前，国家对医疗机构销售药品实行顺加15%的政策，在机制上使医疗机构与医药企业成为利益共同体。医院缺乏采购优质低价药品的动力和积极性，不愿采购低价药品。一些药品企业违规“公关”，诱导医院采购使用高价药，影响了低价药品生产企业的生存和发展。
中介服务收费过高。部分地区药品集中采购委托中介机构操作，中介机构一般按交易额的3‰-5‰向企业收取代理服务费，有的还收取会员费、信息服务费等，加重了企业负担，也抬高了药品价格。
高强认为，上述问题的产生，根本原因在于一些地方对这项工作的指导思想不够明确，在制度设计上不够严谨，在执行操作上不够规范，在监督检查上不够严格。一些药品生产、经营企业和医疗机构只注重自身利益。
网上采购平台
在我国，药品采购程序繁琐、投标成本高是许多企业抱怨较多的问题。从发达国家的经验来看，将电子商务技术引入到药品采购过程中，能很好地解决这一问题。在《关于进一步规范医疗机构药品集中招标采购的若干规定》文件中，提到了要鼓励网上招标、竞价和交易。
卫生部主管官员曾在多个场合强调各级政府要建立由有关部门组成的药品集中采购工作领导机构，建立药品集中采购管理机构和药品集中采购平台，充分运用现代信息和网络技术，实行网上采购，可以使药品集中采购操作更加便捷，工作效率更高，实现采购全过程的公开透明和阳光操作，加强对医疗机构合理用药的监管，便于政府监管和社会监督。
实际上，越来越多地采用IT技术，走网上销售之路，同时能追踪监控产品和购买决策信息在整个业务链中的变化情况，使各自的经营活动更加贴近市场。
美国也是当今世界上药品集中采购做得最好的国家之一，应该借鉴美国的经验，积极利用现代信息网络技术，将电子商务技术与集中采购理念充分融合，发挥互联网无处不在的优势，形成集中采购供应链成员之间协同合作的机制，促进商流、资金流、物流与信息流的一体化流动。
国家食品药品监督管理局曾下发《互联网药品交易服务审批暂行规定》。该《规定》实际上从行政立法的层面确立了中国第三方互联网药品交易服务商的法律地位，以及特别的行政许可项目。我国亟待借助互联网这一现代信息技术，借助《规定》，构建起一种能够高效且能控制现有药品集中招标采购弊端的全新药品流通模式和药品集中采购平台。
通过互联网药品交易卖方信息的注册，可形成信息覆盖全国的药品供应信息源，医疗机构直接通过查询上述药品供应信息源，做到一览无余。医疗机构可以将本单位全年或季度或月采购计划通过互联网药品交易商的整合，向注册生产企业直接发出要约(如果对价格有要求，亦可在要约中做出保留)，企业一经承诺，药品采购订单即告生成，企业就可以安排投产和委托经营企业的配送工作。
有网上采购平台，政府完全可以借助互联网药品交易中买方的采购信息，高效、准确、及时地了解本行政区域内所有公立医院的药品实际使用情况，包括与上年同期相比较，药品销售金额的变化，这就可以为价格主管部门“合理调整医疗服务价格”提供科学决策的依据，在真正实现降低药品价格和医院加价率的同时，协调同步提高体现医务人员技术和劳务价值的医疗服务价格。同样，社保部门亦可借助互联网药品交易中买方的采购信息，主动控制本行政区域内所有公立医院的医疗费用。
如果要逐步实现医疗机构的药品直接交易，医院与生产企业的结算就必须通过银行的电子结算服务，才能将买卖双方从繁重的财务结算工作中解脱出来。医院的结算引进银行电子结算服务，恰恰又解开了传统药品交易模式中的赊销死结。政府可以要求公立医院在互联网药品交易过程中设立药款结算独立账号，由银行通过对独立账号的财务管理服务，在不减少医院资金使用额度的同时加快企业资金周转。
另外，如果规范的互联网药品交易开展得比较广泛，对于很多药害事件，监管部门就可以在非常短的时间内做出应急反应。互联网药品交易模式，可为药品监督管理、突发公共卫生事件的应急，提供有效的信息管理工具。
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