即使上述问题都能得到解决，新医改还是会面临很多难题。再完美的方案如果不能完全实施或在实施中走样，那么完美只能停留在纸上。医改的一些问题已经完全超出医改的范围，比如政府投资的8500亿是否能完全到位，部门利益化也会在很大程度上阻碍新医改的推动。
公立医院改革困难重重
在《实施方案》的“五大”改革任务中，虽然公立医院改革试点列在最后，但却是新医改最关键、也是最艰难的部分，是医改的“重头戏”。“两会”期间，卫生部部长陈竺就向外界表示，目前看病就医的供需矛盾主要集中在大医院，尽管改革路径上不十分清楚，只是推行试点，但是改革的大方向是明确的，就是10个字——坚持公益性，调动积极性。这次的新医改方案只是明确了试点的原则，并不由中央指定试点，虽然一些关键性改革原则，《意见》和《实施方案》给出了明晰的方向，但由于传统体制、政府权力、财政实力的约束，公立医院改革的具体方向并不明确。业内人士认为，各地方自己试点的结果很可能造成公立医院改革“百花齐放”。
公立医院改革涉及政府和公立医院的关系问题，现在中国的医院和卫生监管部门存在财产、人事等等各种各样的牵连关系，公立医院要改革，恐怕先要改革管理公立医院的政府部门。
公立医院改革更涉及公立医院内部的治理结构问题。和国有企业改革相比，事业单位改革更复杂、难度更大，公立医院又是比较特殊的事业单位。有人提出明确医院的法人治理结构，这在国有企业改革中都还是个问题。国企在经过十几年轰轰烈烈的改革后，最终还是留了个尾巴，公立医院的产权问题恐怕要比国企更难解决，各种关系的牵扯更加复杂。
据统计，目前在中国96%的医院是公立医院。根据这次的新医改方案，其中很大一部分公立医院会转为民营医院，这也将是未来3年公立医院改革的重点内容之一。除了一些大规模的三甲医院，大部分医院恐怕早已为这个忧心忡忡，恐怕已经有公立医院开始找关系通门路，上上下下打点。可以想见，在未来的3年内，确立哪些公立医院转民营将是一场多么浩大而艰难的任务，而其中，也许不可避免地会出现贪污腐败、利益博弈等诸多问题。
稳定也是一个问题，在新的医改方案正式出台之前，早已听到风声的一些小公立医院的医生已经开始人心惶惶。虽然新的医改方案一再强调对公立医院和民营医院一视同仁，职工享受同样的福利待遇，但究竟能否落实，终究是个未知数。失去早已过时的事业单位的所谓国家干部身份，对一些有心理优势和职业优越感的公立医院医生来说，所在医院转为民营，可能会产生巨大的心理冲击。
取消15%的药价加成，还可能会造成一些公立医院一定时间内现金流出现问题。
公立医院的管理体制、运行机制和监督机制，政府的补偿机制，多元化的办医格局和公立医院的规模、布局等等都需要在摸索中前行。
民营资本的介入
解决看病贵和公立医院存在的诸多问题，最好的办法是引入市场竞争。记者了解到，北京郊区出现的自助透析室，自助透析的成本是大医院的1/3。民营医院的大量存在，使患者能够实现用脚投票，必然形成对公立医院和医生的无形压力。
目前，中国绝大部分医疗机构均为国家所有，多元化投资、多渠道办医的格局尚未形成。尽管国家明确鼓励民营资本进入医疗领域，但由于目前国家对民营医疗机构发展的配套政策和措施还不健全，民营医疗机构难以享有公平的待遇，在很大程度上限制了民营医疗机构的发展。
民营医疗机构的发展面临很多困难。看起来，各级政府似乎都大力支持民营医院发展，但民营医院在土地使用、税收、准入、人事、社保等方面的很多政策都不够明确，使民营医院很多关系无法理顺，在某些地方甚至存在人为设置障碍，这使得目前中国的民营资本进入医疗市场仍然比较困难。
民营医疗机构的社会认同度也比较低。这不仅因为民营医疗机构大部分建立时间比较短，还因为中国的民营医院整体规模较小，医生水平参差不齐，医院内部缺乏刚性的职业规范。部分民营医疗机构还存在虚假广告、诱导需求等违规经营现象。很多医护人员也并不认同民营医疗机构，民营医院社会和学术地位比公立医院低很多，现实也确实如此，因此民营医疗机构引进人才和留住人才比较难，整体医疗水平往往会比公立医院低。
即使现在公立医院数量如此之多，因为彼此之间缺乏竞争，依然容易形成联盟，如果大批公立医院转民营，仅存的少数公立医院之前就更容易形成联盟以至垄断。如果民营医院没有同时发展壮大并且有良好的声誉和信任度，医疗服务的质量将永远上不去，价格也永远下不来。
竞争的前提是，放开有形或无形的管制，使民间力量真正有平等的机会经营医疗服务，给予民营医疗机构公平的正常空间，并且让民营医院和公立医院有能力对抗。相比意见征求稿，《实施方案》增添了对民营医院的相关政策“承诺”，即在医保定点、科研立项、职称评定和继续教育等方面，与公立医院享受同等待遇，对其在服务准入、监督管理等方面一视同仁。
但是，近年来，随着利益集团的博弈加剧，民营企业的生存空间明显缩小，民营企业的生存环境比上世纪90年代已经差了很多。在这样的大背景下，中国的民营医院能否真正得到和公立医院一样的待遇，壮大到能和公立医院竞争，还是个未知数
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