刘文华认为，向医院征收33％的企业所得税同样存在着不小的问题：所得税应该是挣钱后才交税，但是民营医院在经营过程中，很多开支根本纳入不到成本核算中，比如宣传广告费等，从税收政策上来讲，发票上显示是盈利的，但企业实际是亏本的。
当然，也有少数民营医院盈利，李文华认为其原因在于：一些创办达十年之久的专科医院，由于其院长或法人代表就是学科带头人，不需要花高薪聘请专家；由于长期积累，一些医院拥有自己的房子，不需要负担高昂的房租；由于病源稳定，一些医院不需要负担广告宣传费用。但从总体上看，民营医院的经营是较为艰难的。
更严重的是，一些小规模的民营医院为了生存，为了在短时间内得到好的回报和减少税收带来的负担，就以违法为代价，忽略自律意识，侵害患者利益，而这将直接损坏民营医院的整体形象，导致民营医院的发展出现恶性循环，给医改造成负面影响。
刘文华说：“税收优惠政策应当是政府与纳税人的一项交易。”医疗服务是一项特殊的社会服务，在一定程度上具有福利和公益的特征，与人民群众的健康幸福密切相关。为了使人民大众获得便捷、高效、优质的医疗服务，政府应当发展民营医疗机构来补充公立医院在服务态度、医疗质量上的不足之处，用政策导向、倾斜及扶持来交易医疗服务的完善。因此，他建议，根据我国国情和现阶段的国家政策，免营业税三年的期限显然太短，应提升至五年以上，营业税税率可参考民办教育，相对调低，卫生部卫生经济研究所李卫平研究员则认为对民营的综合医院应适当减收企业所得税。
多地点执业需尽快推行
民众集团健康管理研究所袁士宗所长认为，当前民营医院在人才方面也面临着诸多瓶颈，比如医疗技术人员招聘困难，中青年技术骨干的成长和稳定受到影响，医生多点执业不顺等。
民营医院的医务人员在职称晋升、社会福利、科研立项上并不能享有与公立医院中的医务人员同样的待遇，这就使得民营医院难以吸引人才、留住人才。
目前民营医院医生流动过于频繁，某个只有百余人的医院一年内员工流动甚至达到50多人次。“这是因为他们没有归属感，医院应当搭建稳定的事业平台，将医生看做合作伙伴，使他们从干事情转变为干事业”，北京三博脑科医院院长张阳颇有感触地说。他认为，一个知识水平很高、专业技术很好的医生在公立医院是干事情，而一旦走出来，就不再是为了名利这种初级目标，更多的是为了创造一番事业。因此，民营医院应当为其搭建事业平台，以入股的形式确立他们在医院的主人地位。三博脑科医院创办初始采取的就是这种理念，当时出于各种考虑，还隐藏了医生的股东身份，现在这些医生已完全定位为合作伙伴，而且经过几年发展，他们的个人价值也得到了提升。
张阳认为，要搭建这个平台主要有两方面工作：一方面，民营医院应当保持稳定性。医院作为一个特殊行业，要想长期留住人才，必须保持稳定，内部既要有管理人员，也要有技术性强的专业人才，尤其是培养一批中坚力量，这些人长时间在一起合作，才能实现可持续发展。另一方面，民营医院需要做大。如果医院规模不够，人才就会因为平台小、比不上大医院而离开。因此，要让医生们干事业，就必须把医院做大，达到一定程度后，人才自然会被吸引过来。
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