定点医院的管理对保证医保经办机构合理使用医保基金至关重要。定点医院在医疗过程和医疗费用支付方面起着决定性作用，当医保启动后，医疗消费的特殊性，造成医疗费用的多少取决于定点医疗，医保基金的征缴与管理犹如“蓄水池”而医院对医疗行为的管理则像“水笼头”，如果“水笼头”得不到有效的控制，“蓄水池”装有再多的水也会枯竭。由于医疗服务特有的专业性和垄断性，使得作为医疗保险基金管理和管理费用支付方的医保管理部门，难以确定一个科学合理的支付办法和评判标准对有限的医疗保险基金进行管理和合理的支付费用，＂以收定支，收支平衡＂的基金管理原则操作起来非常困难。
二、现阶段定点医疗机构管理中存在的问题及难点
医疗保险制度改革后，医疗行为发生后，用的是病人医保基金的钱，定点医疗收益的多少与病人的就诊人次和医保基金支出的多少呈正比，基金使用越多定点医院的收益就越大，由于利益关系一些医院没有严格执行有规定，未按要求操作，乱于药乱检查、乱收费，多收费及开大处方的现象依然存在。
医保定点网点多、医疗管理专业人员少、医疗行为复杂性，给医疗保险管理部门带来管理难度。医疗保险基金的有限与参保人员医疗需求的无限存在矛盾。随着医疗技术的快速发展，新技术、新产品的临床广泛应用，给参保病人带来了福音，但是基本医疗保险金是有限的，只能满足基本的医疗需求，不可能满足所有的医疗需求。那么其中只有两种选择，要么是由参保人承担，要么是由医院或基金买单，这也给我们医保管理工作增加了难度。
医疗卫生制度、药品流通体制改革与基本医疗保险制度改革不同步，给基本医疗保险制度改革带来重重困难。如，医疗的以药养医现象仍仍然存在， 医院的药价高于市场价格，药品回扣风不禁而不止，医院滥检查、重复检查的现象严重，加重了参保人员的负担，也增加了医保基金的支出；药品流通过程中存在虚高，水分多，造成药品价格畸形，药店可以卖保健品、化妆品、食品等现象的出现给医保管理工作带来了困难。
医保中心与定点医疗机构是通过“协议”的形式，明确双方的权利和义务，但是难以规范就医行为，因为个人的个体差异、每个医生的用药习惯不同，就不能用一个尺度确定合理性，这也是我们医保工作的难点。医保政策复杂，也给医保宣传带来困难。由于医保政策的复杂，多数参保人员主观上并不想了解医保是怎么回事，而是一旦生病了，就都由医生说了算，包括用什么药，和做什么检查，都是由医生定。个别职业道德差的医生，有低价格的不开，光给病人开贵重药品，从中拿回扣；定点医疗机构存在分解住院病人现象，参保人员只能听从医生的意见的建议，是有意见也不敢对医生或医院提，只能埋怨是医保“惹的祸”。
少数参保人员与医务人员受利益驱动，违规违法行为时有发生，其手段也日益隐蔽。鉴于医疗保险基金支出管理复杂性和欺诈形式的多样性，医疗保险经办机构如何应对参保人员服务需求，规范就医行为，实行制度化的管理，是实际工作中需要解决的难题。
三、定点医院管理的难点
为强化定点医院管理，出台管理办法，社会保险基金管理中心与定点医疗机构签订“服务协议书”，制定考核办法、考核标准，尽可能地规范医疗支付行为，但是由于各种因素的影响与制约，使得在完善定点医院管理中还是存在一些困难和难点，归纳起来有一下几点：
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