在生产成本提高的同时，企业的销售费用也呈现上涨趋势。上海的王总也表示，尽管药品中标价格不断下降，甚至出现了中标价与成本价倒挂，但为了争夺市场，企业不得不增加销售费用。“只要产品进医疗机构，他们就会对厂家提要求。”以基本药物零差率销售为例。国家在一些地区试行基本药物零差率销售，试图通过政府补偿来解决以药养医问题。但在一些经济不发达地区，政府补贴根本无法到位。基层医疗机构照样经营非基本药物，赚取进销差价。“即便是销售基本药物，表面上看基层医疗机构按零差率销售，背地里他们还是会要求经销商给回扣。”王总坦言。
上海医工院信息中心提供的数据也显示，在2009年百强企业中， 63家为化学制造企业（含原料和制剂）的主营收入合计为2061.0亿元，利润总额为254.4亿元，销售成本高达1283.7亿元；31家中成药企业的主营收入合计为749.0亿元，利润总额为83.2亿元，销售成本则高达407.3亿元。
成本上去了，药价低下来，这不禁令人担忧：企业一旦亏损，会不会为了压缩成本而降低药品质量。官方统计显示，今年1～5月份，尽管我国规模以上医药工业企业亏损同比下降了2.1%，但累计亏损仍达到22.1亿元。
中国医药企业管理协会副会长王波直言，本土品牌企业是行业发展“扶大扶强”的中坚力量，且新医改的目标之一就是要保证百姓用药安全、有效、可及。如果政府采购的都是那些低品质的甚至是技术造假的产品，且不说产业受损，“老百姓是否又真的能从此次医改中受益呢”？
那么，品牌企业何以摆脱前路的尴尬？努力提高自身产品品质成为业内共识。
河北省药学会召开的促进药企发展座谈会上，有企业代表提出，企业必须增强自主创新能力，打造独家品种。郑传誉也表示，我国医药市场的发展潜力巨大，这对品牌企业来说是个难得的机遇。如果一家企业，其品牌确实来自于研发技术、产品质量优势，而不是单纯的广告宣传，那么其在市场竞争中还有获胜的希望。“客观地说，外资企业确实在产品品质保证上有值得国内企业学习借鉴的地方。”
中国医药工业科研开发促进会执行会长宋瑞霖表示，相关部门正考虑如何鼓励医药工业企业的产品通过欧盟COS或者美国FDA认证。他指出，本土品牌企业的品牌产品与跨国药企产品站在同一起跑线上时，就有理由向相关部门申请“同质同价”。即使不能完全实现“同质同价”，也可将已通过COS和FDA认证的国产仿制药与原研药的价差保持在一个相对合理的区间。
王波则呼吁，政府应当给国内所有合规生产的制药企业提供一个公平良好的生存环境，使行业发展真正实现优胜劣汰。
宋瑞霖在接受媒体采访时也曾表示，单纯依靠降低基本药物价格难以根本解决看病贵问题。卫生部卫生经济研究所发布的《2009中国卫生总费用研究报告》披露，307种基本药物占医保报销品种七分之一。根据匡算，如果在包括公立医院在内的全国30%的医疗卫生机构推广使用基本药物，按使用比例70%估算，总费用基本为260亿元左右，仅占全国药品费用总支出的4.2%。
中国社科院经济研究所研究员朱恒鹏则建议，打破医疗机构双向垄断地位。他指出，政府管制，如行业进入限制、公费医疗及医保定点制度，使得公立医院成为药品销售环节的双向垄断者——面对众多的药厂，医院处于买方垄断地位；面对患者，医院处于卖方垄断地位。买方垄断地位使得公立医院可以向药企索取高额回扣；卖方垄断地位使得医院可以向患者高价卖药。而15%的医疗机构药品加价率管制政策导致了医院偏好购销高价药。
此外，政府可以放开药价管理，进一步完善招标采购政策。“那种‘药价一放开就飞涨’的假设完全是多虑。”朱恒鹏称。医疗机构以招标价为最高零售价，实际采购价可以比其低，但不能高；取消15%加价率限制，允许企业和医院议价。
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