郎溪县卫生局局长陈同义认为，基本药物目录结构性过窄，比如适合婴幼儿的药物很少，而这些药是成人药无法替代的。此外，精神病类、抗乙肝病毒类和部分专科类药也较少。
2010年7月，农工党中央在调研基本药物制度实施情况时，在河南也发现了类似的情况。一位参与调研的人士介绍说，部分地区存在患者因用药需求不能满足而从乡镇卫生院“倒流”回上级医疗机构的现象。
“实施国家基本药物制度后，专科用药在目录中数量有限，这对原本发展形势较好、规模较大的专科特色突出的基层医疗机构造成了一定影响，导致专科业务发展受限，部分患者不得不转诊至上级医疗机构。”河南省卫生厅厅长刘学周介绍说。
相对于新农合药品目录来说，基本药物目录过窄，这意味着很多可以在新农合报销的药品，基层医疗机构无法提供，这也直接促使病人理性选择更大的县市级医院。
此外，陈同义在对改革实施半年来新农合补偿数据比较后发现，基本药物零差率对减轻农民负担的作用并不显著。原因是全县参合农民就诊的医药总费用80％左右发生在县级以上医疗机构，仅20％左右发生在乡镇卫生院和村卫生室（2010年上半年为19.21％）。
转型忧思
2003年国家推行新农合，大大刺激了农村居民的医疗需求，一度破旧不堪、人员稀少的乡镇卫生院焕发生机。据介绍，2003年之前，岳西县80％的卫生院处于亏损状态。
岳西县卫生局副局长汪传德介绍说，全县24个卫生院只有两个医院持平，其他均有结余，发展势头良好。这得益于2003年新农合和近年对城乡卫生服务体系建设的投入。
然而，在“以药补医”体制下，一些基层医疗机构偏离了应有的功能定位，不顾条件限制，超范围执业、超能力接诊、超范围创收，导致医疗纠纷和医疗事故逐年上升，加剧了医患矛盾。
为了纠偏，国家实施了基本药物零差率销售，政策的核心意图是降低药价虚高成分，抑制不合理用药。今后，基层医疗机构不再进行自主采购、自行加价销售，取而代之的是一种行政主导下的运营模式，省政府招标机构招标、统一招标、统一定价、统一配送，医疗机构收支由财政局、卫生局核定。
中国社科院研究员朱恒鹏在浙江等地调研后认为，零差率销售政策并不能改变卫生院卖药赚钱的局面，只是将原来的公开合法盈利转变为暗箱操作，通过返点和回扣谋利，这无助于降低老百姓的药费负担。
此外，此次新医改导致乡镇卫生院功能定位发生改变，除了基本医疗功能，公共卫生服务任务加重。“公共卫生是工作重心，比基本医疗还重要。”朱海波说。目前各卫生院和社区服务中心抽调专人从事居民健康档案管理、慢病管理、免疫计划实施等。
业内人士认为国家重视公共卫生服务，纠正了过去基层医疗机构重治疗、轻预防的局面。但部分基层医务人员也担忧，过于偏重公共卫生服务，加之基本药物零差率政策导致医疗机构没有创收的热情，原先的治疗业务会否就此萎缩？一旦如此，老百姓看病将更难。
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