另外，核定首次上市药品的基准价格，也面临一定的桎梏。祝匡善告诉记者，当年计划经济时代，原研药的定价是按照外企自己上报的成本加上15%至30%的利润补偿形成的价格，“这个办法沿用至今。如果推翻以前的全部原研药价格，重新核定，其工作量将非常浩大。恐怕发改委暂时不会轻易启动这样的核查工程。不过改革是渐进的，以后还可以调整。”他说。
鼓励直销谨防差价过大
控制药品生产之后的出厂价和销售价之间的“价格差”，是国家发改委此次修正思路中的又一记“重拳”。
记者了解到，在此次国家发改委初步敲定的“新思路”明确提出，制定合理的可以允许的“差价率”，应在药品的实际出厂价格或进口到岸价格的基础计算，从而控制“低价高销”的现象，避免医药在流通环节的过多加价，造成终端的高价格。
国家发改委的对策将是鼓励“药品直销”制度，即药品直接从企业配送到医院或药店。
与此同时，医院作为最大药品“销售终端”，对药品定价过程中的“差价政策”，也将在新思路中面临全面调整。据了解，调整主要集中在先前允许的最高15%的差价率领域。
新思路提出，在不突破原定的15%加价率前提下，医院将实行药品分类加价制度，对不同价格档次的药品实行有差别的加价，“让高价药加价低，低价药适当高加价”。
而按照以往规定，药品进入医院后，医院可以有最高加价15%的权限。此政策的一个不良后果是导致医院将所有药品的加价率都用足“上限”，于是，这使得高价药价格更高，医院在趋利心理下更加侧重推销高价药，令百姓感觉看病贵。
“分类加价肯定比15%加价政策更好，因为这样做可以引导医院减少卖高价药，增加低价药的销售，让百姓得到实惠。但是，这个做法并没有从根本上改变‘医院卖药越多、获利越多’的趋利局面，应该说还不是根本解决问题的办法。”长期从事药品价格研究的中国人民大学医药物流研究中心主任李宪法指出。
配套严管细节效力
虽然鼓励药品直销，但是如今医药行业仍然存在大量自身产品配送渠道不健全，必须依靠中间流通环节的企业。不过，这一领域并未成为“新思路”的“空白”。
对于有些药企的销售配送能力不足，需要经销商参与销售的，日后政策将强制要求必须以合同形式分别确定出厂价和推广费用，不得以现行的折扣、折让等形式给经销商推广费，同时规定，厂家必须尽到对药品市场价格进行监审的义务。
南京长澳药业副总戴立权认为：“作为厂家，我们非常欢迎把出厂价和推广费清清楚楚分开的做法，这样可以规范药品购销过程中的暗箱操作行为。但这个政策在具体执行中能否对抗由来已久的行业折扣等潜规则，还有待考察。”
与此同时，国家发改委此次提出的新思路中，对于一些临床用药期间产生的实际问题，也有了细节安排。一方面，虽然规定了“药品定价审批与药品仿制次数成反比”，但对于一些市场上紧缺的药品，可以允许多家仿制药价格保持相对一致，而且可以按照成本较高的企业核定价格，以保证药品供应。
另一方面，在临床用药过程中，一直存在的不同的患者会适用同一药物的不同浓度规格或不同剂型，而产生的不同价格问题。
对此发改委提出，那些正在研制过程中或者刚刚研发出的新药，其不同剂型和规格的价格，可以在此过程中就予以确定。而对于那些已经上市时间较长的药品，可以选出使用较为广泛的药品，作为标杆，并以最小剂量为基础，计算不同品牌的同一种药物的各种不同规格、剂型的实际价格标准。
“以往差比价定价过于混乱，含药0.15毫克的片剂比含药0.5毫克的片剂还要贵，这样荒唐的事屡见不鲜。”祝匡善认为新思路又是对以往制度的创新，新药申报过程中往往对首仿药要求极其严格，各成本内容、数据都很详实，透明度高，便于核查成本价。
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