而在招标结果一直差强人意的同时，各地政府也一直加紧对招标模式的探索。继2005年四川的挂网模式之后，云南的宣威模式、上海的闽行模式、南京医院托管模式、苏州模式、浙江模式、宁夏三统一模式、广州挂网采购模式等纷纷出炉，各种试点层出不穷。但多年的实践表明，新模式在有效改善某些矛盾的同时，固有的利益纠葛以及随之引发的争议仍然不可避免地存在，并不能从根本上解决问题，过渡性政策的弊端显现得越来越明显，主要表现在招标执行中对招标政策的异化和出现的怪现象。
有专家认为：导致药品集中招标采购的政策执行陷入困境的原因很多，究其主要原因是由于中国政府推行的药品集中招标采购是政府与市场主体之间的利益博弈，而在博弈过程中政府未能合理均衡市场主体之间、市场主体和患者之间的利益，结果使药品集中招标采购既损害了市场主体的既得利益，又未能达成预定的政策目标。
这也是时至今日药品招标采购存废争论之声依旧一片哗然的原因。但相关部门早已表态：“药品集中招标采购是一项好的制度设计”，而来自于公共政策领域方面的专家则呼吁：“取消当前的药品集中招标采购制度只能使医药流通改革退回到起点，进一步完善药品集中招标采购制度，加快医疗机构和医疗保险制度改革方是上策。买方主导的药品集中采购制度不符合我国国情，药品集中招标制度的发展方向是第三方电子交易系统。”
而最新出炉的《关于深化医药卫生体制改革的意见（征求意见稿）》中提出了“建设规范化、集约化的药品供应保障体系”的政策框架，但在具体政策措施中却只讲“规范”，并不见“集约”，已经延续多年的药品集中招标采购政策没有纳入《征求意见稿》。这不禁又引发了有关学者新的担心：“如果由于药品招标政策异化带来的负面影响而放弃集中采购，医药分开将失去具有中国特色的实现方式，药品供应保障体系的建立和药品价格形成将失去可操作性，建立规范的公立医院运行机制将无从谈起。”
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